从责任的角度，承包经营只追求利润最大化，而阿米巴经营在以培养人才为核心目的的同时，实现利润最大化。

从权力的角度，承包经营往往握有较大权力，当然，这种权力是他们与企业所有权的代理人博弈出来的，但较大的权力往往导致权力滥用，在企业里形成自私自利的文化氛围。而阿米巴经营强调系统授权，根据阿米巴的不同级别，分别采取机能量化分权、事业量化分权、联邦量化分权等模式，确保授权根据责任大小有效区分， 并且根据经营会计报表的量化数据来分权，真正让权力和责任牢牢捆绑。同时，阿米巴经营还通过事前计划、事中监督、事后评价的一整套流程系统控制风险，并对经营者的品行和能力进行监控和评价。

从利益的角度，承包经营为了刺激承包人的积极性，往往对承包人利益最大化予以承诺，期望通过承包人经营积极性的调动来调动员工的积极性，但实践表明，承包人在短期利益的驱使下，往往对员工的利益置若罔闻。而阿米巴经营的理念是全体员工的物质和精神幸福，在利益分配方面，一定是全体员工的共享机制。 

从长短期利益平衡的角度，承包经营往往关注短期利益，急功近利，如短至一年、多至三年的承包期限机制给了承包人追求短期利益的动力。而阿米巴经营在关注短期利益的同时，更加关注长期利益。推动阿米巴经营的企业中枢部门是经营管理部，经营管理部所代表的利益是企业，所站的高度和老板的一致，它在企业的战略发展规划下制订企业的年度经营计划，并指导各部门按照企业年度经营计划分解各部门计划，据此开展经营，当发生短期利益影响和破坏长期利益的现象出现时，则坚决叫停。

从大局观的角度，部门承包者关注部门利益而不关注企业利益，在局部利益最大化的氛围下，企业难免出现“诸侯”，关键时刻和企业叫板。而阿米巴经营时刻关注企业全局利益，在经营管理部企业年度经营计划的指引下展开部门经营，在局部利益和全局利益发生冲突和矛盾的时候，局部利益必须让路。

从资源利用的角度，承包者由于优先保证局部利益和短期利益的实现，往往不顾一切地透支资源，而且各部门之间无法达成协同，造成企业资源的浪费。而阿米巴经营关注全局利益和长期利益， 最大化地协同各单元的行动，为企业整体的利润最大化而努力，并最大化地合理利用资源。