一般来讲，组织划分得越细，则阿米巴经营模式的推动越深入；但是，也不能说组织的划分就是越细越好，比如原来销售按照大区来分阿米巴单元；生产按照车间来划分阿米巴单元；再往下深入一层，做到销售按照小组；生产按照工序（班组），则阿米巴组织呈几何级数增加，大大增加了核算的工作量，而且，在阿米巴理念尚未深入人心的时候，员工因为核算工作量的加大而怨声载道，增加阿米巴推动的阻力。

此外，阿米巴单元的独立核算，最大的好处是原来看不清晰的东西通过独立核算看清楚了，其实就是责任的归位；但是不是责任越清晰越好呢？责、权、利的统一是配套的，责任清晰了，但权力、利益没有配套，反而会造成各部门扯皮的增多。阿米巴经营会计报表核算清晰了各阿米巴单元的利润，制订年度和月度经营计划的时候会确立这个利润目标，这体现了各阿米巴单元的责任；通过绩效考核，明确了各阿米巴单元的利益；这时动力机制解决了，但是，如果不给各阿米巴单元放权，审核、审批的流程仍然冗长，屁大点事还是要向上级领导打申请、走流程，不巧的是，上级领导出差在外还不予以回复，这显然会打击各阿米巴单元的积极性。所以，要给各阿米巴单元授予一定的权限，以加快工作效率。

而在阿米巴运行过程中真正把它们三者配套好，条件好（管理基础扎实、人员素质较高）的企业至少需要半年左右的时间，条件一般的企业则需要半年到一年的时间，所以在这个过程中发现人心在变的时候，就是阿米巴推行出问题了，这种状况的出现阿米巴很容易夭折。